W 1918 roku Rząd Polski utworzył w Warszawie Państwowy Centralny Zakład Epidemiologiczny, przemianowany 7 września 1923 roku przez Radę Ministrów Rzeczypospolitej Polskiej na Państwowy Zakład Higieny. W związku ze złą sytuacją epidemiologiczną i szerzącymi się epidemiami duru wysypkowego, cholery, gruźlicy, czerwonki i wielu innych chorób zakaźnych, początkowo głównym zadaniem statutowym Instytutu było:
"rozpoznawanie chorób zakaźnych, badanie ich istoty, źródeł powstawania, sposobów zwalczania oraz wyrób i badania doświadczalne surowic, szczepionek, krowianki i innych produktów bakteryjnych."
Wraz z poprawą epidemiologicznej sytuacji chorób zakaźnych prace Państwowego Zakładu Higieny zaczęły koncentrować się przede wszystkim na zagadnieniach higieny. Znalazło to odbicie w statucie z 1927 roku, który na czoło zadań Instytutu wysuwa:
"prowadzenie badań naukowych w zakresie higieny publicznej celem przystosowania zdobyczy wiedzy dla potrzeb zdrowia publicznego".
Zakres działalności naukowo-badawczej i usługowej Państwowego Zakładu Higieny obejmował takie zagadnienia jak profilaktyka, diagnostyka i leczenie chorób zakaźnych, higiena pracy, higiena psychiczna i higiena odżywiania, badania żywności i przedmiotów użytku, inżynieria sanitarna i administracja sanitarna jak również podlegała Instytutowi kontrola surowic i szczepionek oraz innych leków.
W związku z przejęciem przez Państwo wielu prywatnych zakładów produkujących szczepionki i surowice odpornościowe, w Państwowym Zakładzie Higieny utworzono Zakład Produkcji Surowic i Szczepionek. Wytwarzano w nim 32 rodzaje różnych szczepionek, jak np. szczepionkę przeciw cholerze, czerwonce, durowi brzusznemu, ospie i wściekliźnie oraz 10 różnych surowic odpornościowych - błoniczą, czerwonkową, tężcową i paciorkowcową. Produkowane były również preparaty diagnostyczne.
Od 1924 roku Zakład Produkcji Surowic i Szczepionek PZH jako jedyny w Polsce wytwarzał insulinę. Szczepionki produkowane w PZH były szeroko znane zagranicą, np. Liga Narodów organizując szczepienia ochronne ludności Grecji wykorzystała w tym celu szczepionki PZH, jak również na Jej zlecenie duże ilości szczepionek przeciw cholerze, durowi i czerwonce wysyłane były do Rosji. Wszystkie produkty biologiczne wytwarzane w PZH, a także sprowadzane z zagranicy, podlegały obowiązkowym badaniom w Zakładzie Badania Surowic i Szczepionek.
Rosnące potrzeby publicznej służby zdrowia, szeroka działalność profilaktyczna w zakresie zwalczania chorób zakaźnych, kontroli żywności i wody oraz konieczność rozwiązywania innych zagadnień sanitarnych na terenie całej Polski, były powodem utworzenia 13 filii w większych miastach Polski podległych Centrali w Warszawie.
Filie PZH powstały w Gdyni, Kielcach, Krakowie, Lublinie, Lwowie, Łucku, Łodzi, Poznaniu, Stanisławowie, Toruniu, Wilnie, Brześciu nad Bugiem i w Katowicach.
W 1939 roku filia w Gdyni przekształcona została w Instytut Medycyny Morskiej i Tropikalnej istniejący do chwili obecnej.
Działalność naukowo-badawcza i usługowa była prowadzona w Państwowym Zakładzie Higieny w Działach: Bakteriologii i Medycyny Doświadczalnej, Surowic i Szczepionek, Chemii, Badania Żywności i Przedmiotów Użytku oraz Wody, a także w należących do Państwowej Szkoły Higieny Oddziałach: Epidemiologii i Statystyki, Higieny Pracy i Techniki Sanitarnej.
Obok działalności naukowo-badawczej i usługowej Państwowy Zakład Higieny rozwijał działalność dydaktyczną. Rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 19 marca 1922 roku została powołana na terenie Państwowego Zakładu Higieny, pierwsza w Europie Państwowa Szkoła Higieny.
Budowa siedziby Szkoły była możliwa dzięki pomocy Fundacji Rockefellera, która w następnych latach organizowała i sponsorowała szkolenia pracowników PZH w ośrodkach amerykańskich (Rockefellerczycy), a także w okresie kryzysu gospodarczego wspomagała finansowo działalność wzorcowych ośrodków zdrowia i Działu Produkcji Surowic.